Henryk Włodzimierz Klimek urodził się jako czwarty z sześciorga dzieci pomorskiego posła na Sejm Władysława Klimka. Wczesne dzieciństwo spędził w rodzinnym majątku ziemskim w Pływaczewie. W chwili wybuchu II wojny światowej miał sześć lat. Po zajęciu ziem polskich przez Niemców ojciec został zamordowany, a matka z sześciorgiem dzieci poddana była represjom, najpierw w obozie pracy przymusowej w Toruniu, a następnie w obozie koncentracyjnym w Potulicach (aż do wyzwolenia w styczniu 1945 r.).